执业药师继续教育整个课程体系分为两大类，一是药学类，二是中药学类。每一大类里又分为专业基础课、专业课、拓展课和研讨课四种，课程总数为32门。
药学类共设20门课程，其中专业基础课3门、专业课6门、拓展课6门、研讨课5门。中药学类共设20门课程。其中专业基础课4门、专业课6门、拓展课5门、研讨课5门。在药学类和中药学类课程中，内容完全相同的有8门课程，称为共用课程，采用同一个教学大纲。
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